對于登記為集體所有制的社有企業(yè)，供銷合作社與社有企業(yè)的關(guān)系，執(zhí)行《中共中央國務(wù)院關(guān)于深化供銷合作社改革的決定》（中發(fā)〔1995〕5號）文件的規(guī)定。即，按照社企分開的原則，理順各級供銷合作社理事會于其所屬企業(yè)的關(guān)系。各級供銷合作社理事會是本社集體財產(chǎn)（包括所屬企事業(yè)財產(chǎn)）的所有權(quán)代表和管理者，擁有對所屬企業(yè)主要負責(zé)人的聘任和解聘權(quán)，企業(yè)重大經(jīng)營、投資活動的審批權(quán)，企業(yè)經(jīng)營管理的監(jiān)督檢查權(quán)，享有財產(chǎn)收益權(quán)，但不干預(yù)企業(yè)的具體業(yè)務(wù)活動。各級供銷合作社所屬企業(yè)是獨立的企業(yè)法人，擁有經(jīng)營、用工、分配等自主權(quán)，實行自主經(jīng)營、自負盈虧、自我發(fā)展、自我約束。

對于登記為有限責(zé)任公司或股份有限公司的社有企業(yè)，供銷合作社與社有企業(yè)的關(guān)系，執(zhí)行《公司法》的規(guī)定。即，供銷合作社是社有企業(yè)的出資人（股東），依照《公司法》第四條的規(guī)定，供銷合作社“依法享有資產(chǎn)收益、參與重大決策和選擇管理者等權(quán)利”，供銷合作社作為股東以出資額（股份）為限對公司承擔(dān)有限責(zé)任。社有企業(yè)（公司）是企業(yè)法人，有獨立的法人財產(chǎn)，享有法人財產(chǎn)權(quán)，以其全部財產(chǎn)對公司的債務(wù)承擔(dān)責(zé)任。